Человечество изобрело имплантанты, которые можно было вводить в организм и приобретать с их помощью много необыкновенных суперспособностей. Но техническое открытие повлекло массу неприятностей: хакеры со всего мира начали охоту на обладателей этих чипов. Имея под рукой компьютер, преступники могли без труда считать информацию с электронных устройств и тем самым забирали у своих жертв много ценной информации. Необходимо было срочно предпринимать меры.

Девятому отделу было поручено ловить таких преступников, а также делать всё, чтобы теми, кто ещё на воле, не совершались новые злодеяния. Во главе отдела стояла девушка Мотоко. Она тоже была наполовину киборгом, но это только помогало ей в охоте за нарушителями чужой безопасности. Вместе со своими подчинёнными Мотоко будет разыскивать опасного Кукловода, который задумал взломать все программы, созданные кибернетиками, чтобы навсегда закрыть доступ к имплантантам. Нужно успеть опередить его.