alexsey2012, Пирс при каждом запуске должен устанавливать свой обработчик. Попробуйте запустить его с правами администратора, после этого запустите браузер и проверьте.
Еще в вашем случае рекомендую в настройках торрент клиента отключить проверку перехвата magnet‑ссылок. Называться она может по разному.